在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

论述結果

1、从光敏陪养細胞中去除DNA交连胆固醇质

为了让区分光交连球营养素-DNA混合物用来LC-MS剖析，著者发掘了了种性质发生变化纯化设计，可从DNA中去如果不是交连球营养素，仅在灯照时凭借单独DNA组接触性含有DNA交连球营养素。用TRIZOL拆分脱色质并清理执行死刑获的非交连球淀粉酶，如果将其二次析出以使用RNase代谢。凭借超声检查拷贝个人所得球营养素交连DNA的拆分物，在硫氰酸胍中高温性质发生变化，并在二阳极氧化硅离心法柱上剧烈地洗涤剂以去如果不是交连球营养素难寻到位。凭借核酸酶解决从DNA中降低光交连球淀粉酶，并使用胰球淀粉酶酶代谢用来LC-MS剖析。该方式 称为球营养素交连DNA拆分或XDNAX。

图1.球蛋白质含量化学交联DNA提现或XDNAX步奏图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可随便接处DNA的蛋白酶质图谱

将光交连策略拜谱生物于MCF7内部，发现了了1,805种得票率淀粉酶，在这当中1,191种存在着于3个或太多次相似中。60%的DNA之间效果组含带核酸运用的GO引用，在欠缺核酸运用引用的淀粉酶质中，明显的影响力来核纤层淀粉酶，首先其次是组建刺绣质组建和内部分裂主义的淀粉酶质（图2）。

图2 . 可可以直接交往 DNA 的蛋清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3归纳总结了DNA完美间的用组所抽象性的淀粉酶质-DNA菜单栏试述富含的核苷酸交连肽。这涉及根据（1）球状DNA融入设备构造域、（2）DNA 融入混乱区（IDR）和（3）根据与的淀粉酶质（举例说明组淀粉酶融入淀粉酶）、RNA（举例说明剪接分子）或相转移区室（举例说明核仁淀粉酶）完美间的用而产生的学习环境相当。

图3 . 可之间遇到 DNA的结构的域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、降钙素原检测細胞扰动一年后与DNA结合实际的转录指数

雌的缴素多巴胺受体α（ESR1）驻滞留胞质溶胶中，昨天遇上其配体，重置易位到组织核，在绿中岛别墅它与基因遗传组中的某些部位切合以提高某些的转录应用程序。将血清饥饿的MCF7组织体现于高用量雌的缴素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模拟训练正确处理的相较较为组织较为这些食品的DNA共同的功效组（图4A）。各举，雌的缴素条件刺激后DNA共同的功效组中的ESR1增多了30倍（图4B）。总的认为，在1,814个参考值的球核苷酸-DNA共同的功效中，约有9%表现出高出2倍的正相关变化规律，并关察到与ESR1具备共同的功效的球球蛋白如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌生长激素处置乳房增生癌癌症 DNA 完美用途组的定量分析比效（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结

设计进入到遗传遗传基因组的膳食纤维质以认识它是如何快速被导出并付诸实操的，不停是科研课题工人一长期性的的最求。遗传遗传基因组可及性主耍以DNA为中心的的方面进行设计，但是，到日前已经，印染质凝露中的一些膳食纤维质与DNA 出现物理防御之间功能尚不明了。安全使用零距離光交连，可表明DNA之间功能组中的大部份数膳食纤维质，XDNAX技术工艺将作膳食纤维质-DNA之间功能设计的强机器。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋白质含量质组学、装饰组学、细胞代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

分类学术论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.